Ich hoffe mal der Händler hat da was falsch verstanden und keine Ahnung. 6 Monate muss das Auto zugelassen sein um die Prämie behalten zu dürfen. Es darf wiederum nicht länger als 12 Monate / 15000km zugelassen sein, wenn du die Prämie als Gebrauchtwagen beantragen möchtest.
Ganz ehrlich? Ich denke du hast dich informiert? Dann sollte dir auch klar sein, das die 6000 (5000) nicht vom Kaufpreis abgezogen sein kann, denn die kommt von der BAFA und nicht vom Händler.
Es mus aber im Kaufvertrag der Händleranteil von 3000(2500) netto, angegeben/abgezogen worden sein. Ansonten bekommst du sowieso nix wegen Formularfehler im Antrag. Eventuell ist das eine Möglichkeit den Vertrag anzufechten.
Ich weiss zwar nicht den Neupreis deines Smart, aber mir scheint das Auto sowieso zu teuer um überhaupt gefördert zu werden. Beachte mal unter 4.2 die 80% Regel für Gebrauchte, demnach müsste deiner ca. 34.000 neu gekostet haben..
Würde ich gut durchlesen, beachte auch den Punkt Antragstellung bzgl. Gutachten DAT oder Neupreisrechnung. Wenn der Händler dich tatsächlich so über den Tisch zieht, eine hervorragende Vertrauensbasis 
auf jeden Fall hab ich jetzt das hier als Mitbringsel 
natürlich erst als ich fast wieder zu Hause war
Das ist mal neu, ansonsten ist ja eher immer TT / Mercedes PingPong.