So...ein kleines Update
Die Geräusche sind weg.
Was habe ich gemacht? Den Subwoofer wieder in den Beifahrerfußraum gestellt. 
Nee, jetzt mal im Ernst:
Ich bin jetzt seit den Osterferien ohne Musik/Fußraumsub und somit ohne Teppich und Polsterung etc. durch die Gegend gefahren. Quasi blankes Blech im Beifahrerfußraum. Ich habe um 100kmh irgendwas im Wind flattern hören (dabei war es auch immer windig) und gelegentlich sogar die Mechanik der Bremsen. Geortet habe ich dies eher am Verdeck, aber nicht aus dem Fußraum. Jetzt, wo alles wieder "verschlossen" ist, sind die Geräusche weg. (Ist mir persönlich nicht sofort aufgefallen, weil ich meist nicht schneller als 90kmh fahre und fast nur noch im Stadtverkehr unterwegs bin)
Somit wurde die Ursache nicht gefunden, aber wenigstens die Symptome bekämpft 
Ich werde die Front eh mal demontieren...vielleicht finde ich etwas loses.